Hernán Manrique vino al mundo el 17 de agosto de 1973 en la ciudad de Buenos Aires. Comenzó su carrera futbolística en las categorías juveniles de Chicago, cuando el equipo todavía se encontraba en la tercera división. Posteriormente, dio el salto a All Boys, donde tuvo un destacado desempeño y logró el ascenso a la B Nacional en 1993, coronándose campeón.
En 1996, Hernán Manrique decidió emigrar a Belgrano de Córdoba, dejando también su huella en ese club. En 1998, fue protagonista destacado del equipo que logró el ansiado ascenso a la Primera División. Tras un año más en el Club Pirata, tuvo una breve etapa en Unión de Santa Fe. En el año 2000, regresó al Torito de Mataderos, donde protagonizó un momento histórico al marcar un gol en la final contra Instituto, contribuyendo así a un nuevo ascenso a la Primera División.
Después de su paso por el fútbol ecuatoriano, Manrique retornó a Argentina para jugar en distintos clubes. Vistió los colores de Huracán, Chacarita, Atlético Tucumán y Unión de Sunchales, dejando su sello en cada uno de ellos.
En el año 2010, Hernán Manrique dio inicio a su trayectoria como director técnico. En el año 2017, tuvo la oportunidad de unirse al club Vélez, donde comenzó trabajando con las categorías infantiles y luego se desempeñó en las divisiones inferiores. En los últimos tiempos, ocupaba el cargo de asistente de Marcelo Bravo en el equipo de Reserva del Fortín, y también fue parte del cuerpo técnico en el periodo interino entre la salida de Alexander Medina y la llegada de Ricardo Gareca.